臺南捷運連同其他省轄都會區捷運，最初皆為臺灣省政府住都處規畫，凍省後由交通部高速鐵路工程局延續辦理。路線計有：
1. 紅線
2. 藍線
3. 綠線
4. 科園延伸線
其中紅線R7（臺鐵臺南車站）至R15（高鐵臺南車站）為優先路線。
臺鐵沙崙線
優先路線於2003年3月16日、6月6日由高鐵局呈報交通部審核，交通部8月6日再將民間參與可行性研究報院，進度甚至超前於中正機場捷運（今桃園機場捷運）案。然而，10月1日行政院核復認為應優先考量高鐵站與臺鐵站間最佳的銜接方式後，並與臺鐵捷運化整合。事實上等於暫緩推動臺南捷運，改以新建臺鐵支線作為高鐵接駁因應。
由於臺南捷運優先路線預計經費約新臺幣三百億以上，沙崙線僅約五十億又能與臺鐵既有車站、路線接軌，經濟效益較高，普遍認為是兼顧財政及實用考量下的計畫。
官方亦稱沙崙線為「臺南捷運先期計畫」，視為導入捷運系統前，培養客源及解決高鐵接駁問題的方案。全線預定於2009年完工，之後將移轉給臺鐵經營，行駛往返新市經臺南至沙崙的直通列車，行駛時間約21分鐘。
輕軌與單軌
然而，沙崙線完後通車後，僅能服務原有臺鐵沿線及沙崙線經過之歸仁鄉大潭、武東及沙崙等聚落，對於都市化程度較高之臺南市東區及臺南縣永康市、仁德鄉等地助益不大。
而臺南捷運優先路線（紅線R7＝R15區間）僅經過仁德而未經由永康市，被認為不合時宜。臺南市縣政府共同規畫一條輕軌運輸系統計24.8公里。路線：億載金城-台南車站-東豐路-小東路-大灣路-永大路－中正路－義林路－勝利街－高鐵橋下道路－高鐵臺南站。由於臺南市歷史悠久，本身路幅較小。市民普遍產生輕軌占用路面之疑慮。
臺南市政府在參訪姊妹都市澳大利黃金海岸之高架單軌（en:Transport on the Gold Coast, Queensland#Monorail）後，初步再規劃一條單軌線於安平港國家歷史風景區內行駛。
市區鐵路地下化
另外，鐵路地下化區段北起永康大橋，南止臺南航空站。在臺南市區鐵路地下化後，新臺南車站預計是有地下三層，第一層是巴士、計程車接駁站，第二層輕軌轉運站，第三層是火車站。
內容摘錄自高速鐵路工程局
1. 紅線
2. 藍線
3. 綠線
4. 科園延伸線
其中紅線R7（臺鐵臺南車站）至R15（高鐵臺南車站）為優先路線。
臺鐵沙崙線
優先路線於2003年3月16日、6月6日由高鐵局呈報交通部審核，交通部8月6日再將民間參與可行性研究報院，進度甚至超前於中正機場捷運（今桃園機場捷運）案。然而，10月1日行政院核復認為應優先考量高鐵站與臺鐵站間最佳的銜接方式後，並與臺鐵捷運化整合。事實上等於暫緩推動臺南捷運，改以新建臺鐵支線作為高鐵接駁因應。
由於臺南捷運優先路線預計經費約新臺幣三百億以上，沙崙線僅約五十億又能與臺鐵既有車站、路線接軌，經濟效益較高，普遍認為是兼顧財政及實用考量下的計畫。
官方亦稱沙崙線為「臺南捷運先期計畫」，視為導入捷運系統前，培養客源及解決高鐵接駁問題的方案。全線預定於2009年完工，之後將移轉給臺鐵經營，行駛往返新市經臺南至沙崙的直通列車，行駛時間約21分鐘。
輕軌與單軌
然而，沙崙線完後通車後，僅能服務原有臺鐵沿線及沙崙線經過之歸仁鄉大潭、武東及沙崙等聚落，對於都市化程度較高之臺南市東區及臺南縣永康市、仁德鄉等地助益不大。
而臺南捷運優先路線（紅線R7＝R15區間）僅經過仁德而未經由永康市，被認為不合時宜。臺南市縣政府共同規畫一條輕軌運輸系統計24.8公里。路線：億載金城-台南車站-東豐路-小東路-大灣路-永大路－中正路－義林路－勝利街－高鐵橋下道路－高鐵臺南站。由於臺南市歷史悠久，本身路幅較小。市民普遍產生輕軌占用路面之疑慮。
臺南市政府在參訪姊妹都市澳大利黃金海岸之高架單軌（en:Transport on the Gold Coast, Queensland#Monorail）後，初步再規劃一條單軌線於安平港國家歷史風景區內行駛。
市區鐵路地下化
另外，鐵路地下化區段北起永康大橋，南止臺南航空站。在臺南市區鐵路地下化後，新臺南車站預計是有地下三層，第一層是巴士、計程車接駁站，第二層輕軌轉運站，第三層是火車站。
內容摘錄自高速鐵路工程局
